对于命中五行缺金但八字喜用神为水的情况，这意味着个体的命理中水的元素较为旺盛，而金的元素相对不足。在五行相生相克的关系中，金生水，水能养木，因此两者之间存在一种相互依存的关系。在这种情况下，既需要补充金的元素以平衡五行，同时也要注意不要过度克制水的元素。
关于补水还是补金的问题，实际上并非单纯地选择一种元素进行补充。而是要根据个人的具体命理情况，通过合适的方式同时调和水和金的元素。例如，在饮食、居住环境、工作选择等方面，可以适当增加金的元素，如多食用金属性食物（如白色食物）、穿戴金色饰品等来补充金的能量。水的元素也不应被忽视，可以通过如水的运动、养鱼等来增强水的活力。
至于佩戴玉石的问题，玉石在中国文化中有着特殊的地位和意义。对于五行缺金的人而言，佩戴玉石确实是一种常见的助运方式。玉石作为天地之间的精华，能够与人体气场相互呼应，有助于平衡五行。具体是否适合佩戴玉石以及佩戴何种玉石，还需根据个人的八字命理和五行属性来决定。