在《三生三世十里桃花》的故事中，素素的眼睛被挖是因为她所在的凡间与天族之间的矛盾和误会。
素素原为凡间女子，后因缘际会，与天族太子夜华相识并相爱。因种种原因，素素被天族众人误解，认为她与妖族有关联，为保护天族和夜华的声誉，素素被带回天宫并受到严密的监视和审查。在此过程中，误会加深，导致天族中的一位高阶神仙决定挖去素素的眼睛以示惩戒。这一行为虽出于误会和误解，却给素素带来了巨大的伤害和痛苦。
在故事情节中，这一事件是情节发展的关键转折点，也引发了后续的种种纠葛和矛盾。这一决定不仅揭示了天族与凡间的差异和隔阂，也展示了素素在逆境中的坚强和勇气。而随着故事的推进，真相终会大白于天下，夜华和其他天族成员也会为他们的行为付出代价并尽力弥补他们的过错。
素素的眼睛被挖是因天族对她的误解和偏见所导致的一场悲剧。这一事件不仅是故事情节的一部分，也是角色性格塑造和情感发展的关键环节。